Fakultas Ekonomi telah mendapat Status Terdaftar di Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI dengan SK Mendikbud No. 070/O/1985 tanggal 18 Februari 1985 dan diperbaharui dengan SK Depdikbud No. 0395/O/1986 tanggal 23 Mei 1986. Status terdaftar suatu Perguruan Tinggi Swasta merupakan manifestasi kepercayaan Pemerintah kepada UNISKA dalam pengelolaan Perguruan Tinggi di bawah Koordinasi Kopertis Wilayah VII Surabaya, dan dilanjutkan pada tahun 1990 di bawah Koordinasi Kopertis Wilayah XI Kalimantan di Banjarmasin. Pada tahun 1993 pemerintah memberikan penghargaan kepada UNISKA meningkatkan statusnya dari “Terdaftar” menjadi “Diakui” sesuai dengan SK Dirjen Dikti Depdikbud RI Nomor: 625/Dikti/Kep/1993 tanggal 23 November 1993.
Peringkat status diakui sangat membantu Fakultas Ekonomi dalam melaksanakan proses transaksi akademik, karena sudah tidak dilakukan lagi kegiatan Ujian Negara, sehingga kegiatan akademik sepenuhnya dilaksanakan oleh Fakultas Ekonomi. Fakultas Ekonomi pada awalnya memiliki Jurusan Manajemen Perusahaan, namun karena issu global, maka program studi manajemen perusahaan dirubah menjadi program studi Manajemen sampai sekarang. Pada tahun 2006 Program Studi Manajemen memperoleh akreditasi dengan peringkat “C” dengan nomor SK 08369/Ak-IX-S1-028/UIPMXX/I/2006. Kemudian pada tahun 2009 Program Studi Manajemen peringkat akreditasinya meningkat menjadi “B” (310) dengan SK Ban-PT Nomor 002/BAN-PT/Ak-XII/S1/IV/2009. Kemudian pada tahun 2014 Program Studi Manajemen mampu mempertahankan peringkat akreditasi “B” (307) berdasarkan SK BAN-PT Nomor 176/SK/BAN-PT/Akred/S/VI/2014. Pada tahun 2019 peringkat akreditasi Program Studi Manajemen Kembali dapat dipertahankan dengan peringkat “B” (333) SK BAN-PT Nomor 2051/SK/BAN-PT/Akred/S/VI/2019.