Universitas Islam Kalimantan (UNISKA) lahir atas gagasan para tokoh-tokoh agama dan tuntutan masyarakat Kalimantan akan adanya perguruan tinggi yang bernafaskan Islam dan melahirkan intelektual muslim.
Cikal bakal berdirinya UNISKA, diawali dengan Pendirian UNISAN (Universitas Islam Antasari) pada tahun 1961 atas ide almarhum K.H. Zafri Zamzam. Pada tahun 1964 UNISAN resmi dijadikan IAIN Antasari yang berafiliasi kepada IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (Cabang Banjarmasin) dengan Rektor (Alm.) KH. Zafri Zamzam sendiri.
Melihat realitas tersebut, dalam seminar “Sejarah Kalimantan Selatan” yang berlangsung di Banjarmasin tanggal 23 s/d 25 September 1973, yang disusul lagi dengan Seminar serupa pada tangal 8 s/d 10 April 1976 para peserta menggugah kembali gagasan mendirikan Perguruan Tinggi Swasta yang mengambil nama Syekh Muhammad Arsyad Al-Banjary sebagai kenang-kenangan akan jasa Almarhum yang sangat besar sebagai tokoh pembaharu dan penyebar Ilmu Agama Islam pertama di Kalimantan Selatan.
Gagasan dimaksud merupakan tindak lanjut dari keinginan dua orang tokoh ilmuan yaitu K.H Zafri Zamzam (Rektor IAIN Antasari) dan Prof. Anwari Dilmy (Rektor Universitas Lambung Mangkurat), namun gagasan tersebut belum terwujud kedua tokoh diatas telah meninggal dunia atas kehendak Allah yang kuasa, akhirnya ide tersebut juga merupakan keinginan warga Kalimantan yang berdomisili di Jakarta, atas perakarsa para pemuka warga masyarakat Kalimantan tersebut, tahun 1981 didirikanlah Yayasan Universitas Islam Kalimantan Muhammad Arsyad Al Banjary dengan Akte Notaris No.6 Tanggal 7 Juli 1981 dengan rekomendasi Kepala Kantor Depdikbud Propinsi Kalimantan Selatan, dirintis pendirian UNISKA yang pada tahun akademik 1981/1982 itu juga, tepatnya tanggal 14 Juli 1981 pada tahap permulaan di buka dua akademi yaitu :
1. Akademi Publisistik, dengan 125 orang mahasiswa baru, peresmian pembukaan oleh Gubernur KDH Tk.I Kalimantan Selatan
2. Akademi Bahasa Asing, dengan 125 orang mahasiswa baru, yang peresmian pembukaannya oleh Kepala Kantor Wilayah Depdikbud Propinsi Kalimantan Selatan.
Pada tahun 1982-1983 kedua Akademi tersebut mengalami perubahan status kelembagaan dan strata pendidikan, yakni: Akademi Publisistik menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP), Jurusan Komunikasi dengan Program Studi Jurnalistik, dan Jurusan Administrasi dengan Program Studi Administrasi Negara.
Akademi Bahasa Asing menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), jurusan Bahasa dan Seni program Studi Bahasa Inggris, dan Jurusan Ilmu Pendidikan dengan Program Studi Psikologi Pendidikan dan Bimbingan. Bersamaan dengan berdirinya kedua Fakultas ini, didirikan pula Fakultas baru yakni; Fakultas Ekonomi dengan Jurusan Manajemen Program studi Manajemen Perusahaan, dan Fakultas Pertanian dengan Jurusan Peternakan Program Studi Produksi Ternak.
Pada bulan Februari 1985, keempat Fakultas tersebut telah mendapat Status Terdaftar di Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI dengan SK. Mendikbud No. 070/O/1985 tanggal 18 Februari 1985 dan diperbaharui dengan SK.Depdikbud No. 0395/O/1986 tanggal 23 Mei 1986. Status terdaftar suatu Perguruan Tinggi Swasta merupakan manifestasi kepercayaan Pemerintah kepada UNISKA dalam pengelolaan Perguruan Tinggi di bawah Koordinasi Kopertis Wilayah VII Surabaya, dan dilanjutkan pada tahun 1990 di bawah Koordinasi Kopertis Wilayah XI Kalimantan di Banjarmasin. Kemudian pada tahun 1993 didirikan sebuah Fakultas Agama yakni Fakultas Syari’ah Jurusan Muamalat dan Jinayat, yang pada tahun 1993 mendapatkan Status Terdaftar pada Departemen Agama RI dengan SK Menag. RI No.382 tanggal 28 Desember 1993, dibawah Koordinasi Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (Kopertais Wilayah XI) Kalimantan di Banjarmasin. Pada tahun 1988 telah terjadi perubahan nama Fakultas Syariah Uniska program studi Muamalat jinayat sesuai dengan SK. Dirjen Binbaga Islam No. E/163/1998 tentang status terdaftar menjadi Fakultas Agama Islam program studi muamalat dan sejak tahun 2014 ini berubah lagi menjadi Fakultas Studi Islam.
Pada tahun 1993 pemerintah memberikan penghargaan kepada UNISKA meningkatkan statusnya dari “Terdaftar” menjadi “Diakui” kepada keempat Fakultas terdahulu yakni FISIP, FKIP, FEKON dan FAPERTA, sesuai dengan SK Dirjen Dikti Depdikbud RI Nomor: 625/Dikti/Kep/1993 tanggal 23 November 1993. Perjalanan selanjutnya pada tahun 1995 didirikan lagi sebuah Fakultas eksakta yakni Fakultas Teknik dengan program studi Teknik Mesin (D.III). sesuai SK. Dirjen Dikti No. 289/DIKTI/Kep/1998 tanggal 14 Agustus 1998 tentang status Terdaftar.
Terhitung sejak tahun akademik 1998/1999 Uniska telah memiliki 6 Fakultas dengan 8 program studi. Sebagai konsekswensi dari mutu lulusan perguruan tinggi dan mengacu pada berbagai peraturan perundangan maka seluruh program studi diajukan Akreditasinya ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Seluruh Program Studi yang diajukan telah memiliki peringkat Terakreditasi Baik dan Cukup.
Pada tahun 2003 sesuai dengan Rencana Strategis UNISKA, maka didirikan satu Fakultas Eksakta baru yakni Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) dengan Program Studi Kesehatan Masyarakat yang penyelenggaraannya berdasarkan atas Surat Departemen Pendidikan Nasional Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor: 2284/D/T/2003 tanggal 5 September 2003.
Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor : 1063/D/T/2008 tanggal 23 April 2008 tentang Ijin Penyelenggaraan Program-Program Studi Baru pada Universitas Islam Kalimantan Muhammad Arsyad Al Banjary Banjarmasin, dimana UNISKA diberikan ijin untuk menyelenggarakan program studi baru yaitu S1 Agribisnis dengan SK Nomor 4024/D/T/K-XI/2010 tanggal 18 Oktober 2010 dan Fakultas Hukum dengan konsentrasi S1 Ilmu Hukum berdasarkan SK Nomor 4025/D/T/K-XI/2010 tanggal 18 Oktober 2010 serta S.1 Program Studi Informatika dengan Surat Keputusan Nomor 4808/D/T/K-XI/2010 tanggal 10 Desember 2010. Selanjutnya pada tanggal 22 Oktober 2009 kembali UNISKA diberikan ijin untuk menyelenggarakan Program Studi Ekonomi Syariah berdasarkan Surat Ijin dari Dirjen Dikti No.: D.dj.I/614/2009 dan Program Studi Kimia sesuai dengan SK Kepmendiknas No. 204/E/O/2011 tanggal 21/09/2011.
Pada tahun 2015 Universitas Islam Kalimantan memperoleh akreditasi B dari BAN-PT. Kemudian disusul dengan 3 izin program studi baru, yaitu: 1) S1 Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiya (PGMI) di bawah naungan Fakultas Studdi Islam dengan terbitnya SK Dirjen Pendidikan Islam No. 361 Tanggal 20 Januari 2015, 2) S1 Sistem Informasi di bawah naungan Fakultas Teknologi Informasi berdasarkan SK Kemenristek No. 427/M/Kp/VII/ 2015, dan 3) S1 Teknik Sipil di bawah naungan Fakultas Teknik berdasarkan SK Kemenristek No. 431/M/Kp/VII/2015.